set协议的缺点如下：

　　1、协议没有说明收单银行给在线商店付款前，是否必须收到消费者的货物接受证书。否则的话，在线商店提供的货物不符合质量标准，消费者提出疑义，责任由谁承担。

　　2、协议没有担保“非拒绝行为”，这意味着在线商店没有办法证明订购是不是由签署证书的消费者发出的。

　　3、SET技术规范没有提及在事务处理完成后，如何安全地保存或销毁此类数据，是否应当将数据保存在消费者、在线商店或收单银行的计算机里。SET协议过于复杂，使用麻烦，成本高。

　　4、SET支付方式和认证结构适应于卡支付，对其他支付方式是有所限制的。

　　SET协议是指为了实现更加完善的即时电子支付应运而生的。SET协议（Secure Electronic Transaction），被称之为安全电子交易协议，是由Master Card和Visa联合Netscape，Microsoft等公司，于1997年6月1日推出的一种新的电子支付模型。SET协议是B2C上基于信用卡支付模式而设计的，它保证了开放网络上使用信用卡进行在线购物的安全。SET主要是为了解决用户，商家，银行之间通过信用卡的交易而设计的，它具有的保证交易数据的完整性，交易的不可抵赖性等种种优点，因此它成为目前公认的信用卡网上交易的国际标准。