标题有点大，当我们仔细分析后，实际上一般都是配置问题。
如果有人想攻击服务器时，都会扫描机器哪里有漏洞可以上传恶意脚本文件，上传脚本是第一步，
当恶意的php脚本被上传到服务器时(其后缀可能是php，也可能伪装如jpg等其它后缀)，
如果该脚本能被解析执行，那想攻击者就可以为所欲为了。
那从源头上来避免这个问题可以从如下两方面入手：
1.上传前就应该判断文件不能是php脚本文件，如果是不能允许其上传(包括伪装后缀的)。
2.上传后就应该把上传的附件文件单独放在一个服务器，该机器只做静态解析，就没什么问题了。
第一条需要写程序保证，没什么说的，最简单的判断文件后缀，到file判断文件类型，或者再复杂的，大家可以去网上找。
第二条解决起来可能碍于资源有限，也不好办。那如果没条件只有一台机器的话，是不是只能人为刀俎，我为鱼肉了呢。
其实也可以从配置上去避免，
禁止ngingx解析上传目录中的php文件。
location ~* ^/upload/.*\.(php|php5)($|/)
{
deny all;
}
避免伪装其它后缀的脚本执行
比如: 通过某种方法上传了伪装文件，upload下存在一个伪装成图片的php脚本a.jpg,
那么当使用http:///upload/a.jpg/b.php访问时，
如果不做特殊设置传给CGI执行的SCRIPT_FILENAME就是$root/upload/a.jpg/b.php
当设置了cgi.fix_pathinfo = 1时，PHP就会以'/'为分割符从最后一个文件开始向前找存在的文件去执行。
$root/upload/a.jpg/b.php
$root/upload/a.jpg
最终伪装脚本将会被执行。
解决方法：
1.关闭cgi.fix_pathinfo 设置成 cgi.fix_pathinfo = 0，但是会影响使用PATH_INFO进行rewrite的程序。
2.

复制代码代码如下:
location ~* .*\.php($|/)
{
if ($request_filename ~* (.*)\.php) {
set $php_url $1;
}
if (!-e $php_url.php) {
return 403;
}
}