看下面的例子吧：

1 Replace into ...
1.1 录入原始数据
mysql> use test;
Database changed
mysql>

mysql> CREATE TABLE t1 SELECT 1 AS a, 'c3' AS b, 'c2' AS c;
ALTER TABLE t1 CHANGE a a INT PRIMARY KEY AUTO_INCREMENT ;
Query OK, 1 row affected (0.03 sec)
Records: 1 Duplicates: 0 Warnings: 0

mysql> INSERT INTO t1 SELECT 2,'2', '3';
Query OK, 1 row affected (0.01 sec)
Records: 1 Duplicates: 0 Warnings: 0
mysql> insert into t1(b,c) select 'r2','r3';
Query OK, 1 row affected (0.08 sec)
Records: 1 Duplicates: 0 Warnings: 0

1.2 开始replace操作
mysql> REPLACE INTO t1(a,b) VALUES(2,'a') ;
Query OK, 2 rows affected (0.06 sec)

【】看到这里，replace，看到这里，a=2的记录中c字段是空串了，
所以当与key冲突时，replace覆盖相关字段，其它字段填充默认值，可以理解为删除重复key的记录，新插入一条记录，一个delete原有记录再insert的操作。

1.3 但是不知道对主键的auto_increment有无影响，接下来测试一下：

mysql> insert into t1(b,c) select 'r4','r5'; Query OK, 1 row affected (0.05 sec) Records: 1 Duplicates: 0 Warnings: 0 mysql> select * from t1; +---+----+----+ | a | b | c | +---+----+----+ | 1 | c3 | c2 | | 2 | a | | | 3 | r2 | r3 | | 5 | r4 | r5 | +---+----+----+ 4 rows in set (0.00 sec)

【】从这里可以看出，新的自增不是从4开始，而是从5开始，就表示一个repalce操作，主键中的auto_increment会累加1.
所以总结如下：
Replace:

当没有key时，replace相当于普通的insert.
当有key时，可以理解为删除重复key的记录，在保持key不变的情况下，delete原有记录，再insert新的记录，新纪录的值只会录入replace语句中字段的值，其余没有在replace语句中的字段，会自动填充默认值。

2.1 ok，再来看Insert into ..... on duplicate key update，

mysql> insert into t1(a,b) select '3','r5' on duplicate key update b='r5'; Query OK, 2 rows affected, 1 warning (0.19 sec) Records: 1 Duplicates: 1 Warnings: 1 mysql> select * from t1; +---+----+----+ | a | b | c | +---+----+----+ | 1 | c3 | c2 | | 2 | a | | | 3 | r5 | r3 | | 5 | r4 | r5 | +---+----+----+ 4 rows in set (0.00 sec)

【】a=5时候，原来的c值还在，这表示当key有时，只执行后面的udate操作语句.

2.2 再检查auto_increment情况。

mysql> insert into t1(a,b) select '3','r5' on duplicate key update b='r5'; Query OK, 2 rows affected, 1 warning (0.19 sec) Records: 1 Duplicates: 1 Warnings: 1 mysql> select * from t1; +---+----+----+ | a | b | c | +---+----+----+ | 1 | c3 | c2 | | 2 | a | | | 3 | r5 | r3 | | 5 | r4 | r5 | +---+----+----+ 4 rows in set (0.00 sec) mysql> insert into t1(b,c) select 'r6','r7'; Query OK, 1 row affected (0.19 sec) Records: 1 Duplicates: 0 Warnings: 0 mysql> select * from t1; +---+----+----+ | a | b | c | +---+----+----+ | 1 | c3 | c2 | | 2 | a | | | 3 | r5 | r3 | | 5 | r4 | r5 | | 7 | r6 | r7 | +---+----+----+ 5 rows in set (0.00 sec)

【】从这里可以看出，新的自增不是从6开始，而是从7开始，就表示一个Insert .. on deplicate udate操作，主键中的auto_increment也跟replace一样累加1.

2.3 再看下当没有key的时候，insert .. on deplicate update的情况

mysql> insert into t1(a,b,c) select '33','r5','c3' on duplicate key update b='r5'; Query OK, 1 row affected, 1 warning (0.23 sec) Records: 1 Duplicates: 0 Warnings: 1 mysql> select * from t1; +----+----+----+ | a | b | c | +----+----+----+ | 1 | c3 | c2 | | 2 | a | | | 3 | b5 | r3 | | 5 | r4 | r5 | | 7 | r6 | r7 | | 9 | s6 | s7 | | 33 | r5 | c3 | +----+----+----+ 7 rows in set (0.00 sec)

看a=33的记录，ok，全部录入了。

3 总结从上面的测试结果看出，相同之处：
（1），没有key的时候，replace与insert .. on deplicate udpate相同。
（2），有key的时候，都保留主键值，并且auto_increment自动+1
不同之处：有key的时候，replace是delete老记录，而录入新的记录，所以原有的所有记录会被清除，这个时候，如果replace语句的字段不全的话，有些原有的比如例子中c字段的值会被自动填充为默认值。
而insert .. deplicate update则只执行update标记之后的sql，从表象上来看相当于一个简单的update语句。
但是实际上，根据我推测，如果是简单的update语句，auto_increment不会+1，应该也是先delete，再insert的操作，只是在insert的过程中保留除update后面字段以外的所有字段的值。

所以两者的区别只有一个，insert .. on deplicate udpate保留了所有字段的旧值，再覆盖然后一起insert进去，而replace没有保留旧值，直接删除再insert新值。
从底层执行效率上来讲，replace要比insert .. on deplicate update效率要高，但是在写replace的时候，字段要写全，防止老的字段数据被删除。

个人倾向与用Replace。