时间:2021-05-22
读取nii或者nii.gz文件中的信息,并且输出图像。
import matplotlibfrom matplotlib import pylab as pltimport nibabel as nibfrom nibabel.viewers import OrthoSlicer3Dfile = '' #你的nii或者nii.gz文件路径img = nib.load(file) print(img)print(img.header['db_name']) #输出nii的头文件width, height, queue = img.dataobj.shapeOrthoSlicer3D(img.dataobj).show() num = 1for i in range(0, queue, 10): img_arr = img.dataobj[:,:,i] plt.subplot(5,4,num) plt.imshow(img_arr, cmap='gray') num += 1 plt.show()补充知识:SimpleITK读取医学图像 .nii 数据(2D显示)
【环境】win10 + python3.6 + SimpleITK
nii文件是NIFTI格式的文件,出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format,但是这个图像格式缺少一些信息,比如没有方向信息,病人的左右方位等,如果需要包括额外的信息,就需要一个额外的文件,比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr, .img>文件来保存图像的完整信息。
因此,解决这个问题Data Format Working Group (DFWG) 将图像格式完整的定义为NIFTI(Neuroimaging Informatics Technology Initiative)格式
import SimpleITK as sitkimport skimage.io as iodef read_img(path): img = sitk.ReadImage(path) data = sitk.GetArrayFromImage(img) return data#显示一个系列图def show_img(data): for i in range(data.shape[0]): io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray') print(i) io.show() #单张显示def show_img(ori_img): io.imshow(ori_img[100], cmap = 'gray') io.show()#window下的文件夹路径 path = 'D:\\datasets\\Naso_GTV\\1\\data.nii.gz'data = read_img(path)show_img(data)img = sitk.ReadImage(path)#查看图片深度print(img.GetDepth())#144 共144张图#查看Sizeprint(img.GetSize())#(512,512,144) 像素:512*512, 144张图片更多的函数自己去发现
以上这篇读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持。
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之前介绍过单个nii文件转换成png图像:这里介绍将多个nii文件(保存在一个文件夹下)转换成png图像。且图像单个文件夹的名称与nii名字相同。importn
这里介绍一个nii文件保存为png格式的方法。这篇文章是介绍多个nii文件保存为png格式的方法:系统:Ubuntu16.04软件:python3.5先用pip
我就废话不多说了,大家还是直接看代码吧~#encoding=utf8'''查看和显示nii文件'''importmatplotlibmatplotlib.use
因为后期主要的研究方向是医学图像处理,而现有手头的大部分数据都是nii格式或者是hdr,img格式的数据,所以首先第一步我们需要解决图像的读写问题。其实使用Op
广义上指使用各种电子工具从事商务或活动。这些工具包括从初级的电报、电内话、广播、容电视、传真到计算机、计算机网络,到NII(国家信息基础结构-信息高速公路)、G