读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作

时间:2021-05-22

读取nii或者nii.gz文件中的信息,并且输出图像。

import matplotlibfrom matplotlib import pylab as pltimport nibabel as nibfrom nibabel.viewers import OrthoSlicer3Dfile = '' #你的nii或者nii.gz文件路径img = nib.load(file) print(img)print(img.header['db_name']) #输出nii的头文件width, height, queue = img.dataobj.shapeOrthoSlicer3D(img.dataobj).show() num = 1for i in range(0, queue, 10): img_arr = img.dataobj[:,:,i] plt.subplot(5,4,num) plt.imshow(img_arr, cmap='gray') num += 1 plt.show()

补充知识:SimpleITK读取医学图像 .nii 数据(2D显示)

【环境】win10 + python3.6 + SimpleITK

nii文件是NIFTI格式的文件,出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format,但是这个图像格式缺少一些信息,比如没有方向信息,病人的左右方位等,如果需要包括额外的信息,就需要一个额外的文件,比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr, .img>文件来保存图像的完整信息。

因此,解决这个问题Data Format Working Group (DFWG) 将图像格式完整的定义为NIFTI(Neuroimaging Informatics Technology Initiative)格式

import SimpleITK as sitkimport skimage.io as iodef read_img(path): img = sitk.ReadImage(path) data = sitk.GetArrayFromImage(img) return data#显示一个系列图def show_img(data): for i in range(data.shape[0]): io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray') print(i) io.show() #单张显示def show_img(ori_img): io.imshow(ori_img[100], cmap = 'gray') io.show()#window下的文件夹路径 path = 'D:\\datasets\\Naso_GTV\\1\\data.nii.gz'data = read_img(path)show_img(data)img = sitk.ReadImage(path)#查看图片深度print(img.GetDepth())#144 共144张图#查看Sizeprint(img.GetSize())#(512,512,144) 像素:512*512, 144张图片

更多的函数自己去发现

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