对于这个问题，我们结合互联网上的一些言论给出以下意见：

　　1.网站可以申请域名保护，这个是毋庸置疑的，可以通过中国互联网协会对网站名字进行保护，还可以把网站名字注册成商标进行保护。

　　2.网站研发过程中的应用程序等可以进行版权登记，也可以按照适当的分类进行专利保护，至于何种专利就需要根据具体情况而定。在申请专利保护的时候，可以在知识产权局网站上进行，提交相关的资料。

　　3.如果是涉及网站的运营模式，也就是商业模式，这种模式就算有创新也是很难作为知识产权保护的客体。

　　综上，网站可以进行专利保护，但是这个要具体分析，网站的有些方面可以申请专利保护，但是有的方面却不能。这个具体怎么把握可以在申请之前咨询专利局工作人员或者专利代理机构的工作人员。